半径r1, 中心座標 (x1, y1, z1) の球体の内側のピクセルの値をゲットしたい。

3D画像 (xyz)内の半径r1, 中心座標 (x1, y1, z1) の球体の内側のピクセルの値をゲットしたいです。

個々のピクセルの値には興味はなく、球体内のピクセルの色強度の平均値・SDといった統計量をゲットしたいです。

球体は1つではなく数百以上あるため、効率的に定量する方法を求めています。

教えて下さい。

半径 (r1, r2, r3 ...)と中心座標 ((x1, y1, z1), (x2, y2, z2), (x3, y3, z3) ...)の値は持っています。

私の説明が不十分であればお尋ねください。

よろしくお願いします。

[Kenta]

こんにちは、ここでいう「３D画像」とは、点群のことですか？それともボクセルやボリュームイメージ（「ピクセル」がｚ方向に積み重なった感じ）でしょうか？

[Yusaku Ohta]

コメントありがとうございます。

ボクセルやボリュームイメージ（「ピクセル」がｚ方向に積み重なった感じ）の方です。

よろしくお願いします。

Answer 1

[Kenta]

clear;clc;close all
load mri
D = squeeze(D);
volshow(D)
[x, y, z]=meshgrid([1:siz(1)],[1:siz(2)],[1:siz(3)]);
r1=10;
cx=100;
cy=50;
cz=13;
% obtain the index of the voxel, where (x-cx)^2+(y-cy)^2+(z-cz)^2<r1^2
idx=find((x(:)-cx).^2+(y(:)-cy).^2+(z(:)-cz).^2<r1^2);

% extract the values
values=D(idx);
%%%%%%%% your code %%%%%%%%



% display the ROI extraction
vol=zeros(size(D));
vol(idx)=1;
volROI=double(D).*vol;
figure;volshow(volROI)

こんにちは、上のように球の方程式をつかって、値を取り出すことができると思います。念のためコードのほうもご確認ください。

[Yusaku Ohta]

Kenta様

indexを作るのが鍵なのですね。

大変参考になりました。

ありがとうございます。