Here is my best guess at what you're asking for:
load('matlab.mat');
new_A = zeros(100,3);
new_A(:,1) = 2;
new_A(:,3) = 1:100;
[ism,idx] = ismember(1:100,A(:,3));
new_A(ism,2) = A(idx(ism),2);
disp(new_A);
2.0000 0 1.0000
2.0000 0 2.0000
2.0000 498.7000 3.0000
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2.0000 0 6.0000
2.0000 0 7.0000
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